Starp daudzajām izvēlēm šie pieci traipi ir visizplatītākie, sākot ar etiīdija bromīdu, kas ir visplašāk izmantotais. Strādājot ar šo procesu, ir svarīgi ne tikai zināt atšķirības starp traipiem, bet arī ar tām saistīto risku veselībai.
Etidija bromīds, iespējams, ir vispazīstamākā krāsa, ko izmanto DNS vizualizēšanai. To var izmantot želejas maisījumā, elektroforēzes buferšķīdumā vai pēc tam, kad pēc tā lietošanas iekrāso želeju.
Krāsvielas molekulas pielīp DNS virknēm un ultravioletā gaismā fluorescē, parādot, kur tieši joslas atrodas želejā. Neskatoties uz priekšrocībām, negatīvie ir tas, ka etiīdija bromīds ir potenciāls kancerogēns, tāpēc ar to jārīkojas ļoti uzmanīgi.
SYBR zelta krāsu var izmantot, lai iekrāsotu divkāršu vai vienpavedienu DNS vai apkrāsotu RNS. SYBR Gold tirgū nonāca kā viena no pirmajām etiīdija bromīda alternatīvām, un to uzskata par jutīgāku.
Tā kā nesaistītās molekulas fluorescence ir tik zema, atkāpe nav nepieciešama. Arī licences īpašnieka molekulārie zondi (kopš SYBR Gold izlaišanas) ir izstrādājuši un tirgo SYBR Safe un SYBR Green, kas ir drošākas alternatīvas etiīdija bromīdam.
SYBR Zaļie I un II traipi (tos atkal tirgo Molecular Probes) ir optimizēti dažādiem mērķiem. Tā kā tie saistās ar DNS, tie joprojām tiek uzskatīti par iespējamiem mutagēniem, un tāpēc ar tiem jārīkojas uzmanīgi.
SYBR Green I ir vairāk jūtīgs izmantošanai ar divslāņu DNS, savukārt SYBR Green II, savukārt, ir labākais izmantošanai ar vienpavedienu DNS vai RNS. Tāpat kā populārie etiīdija bromīda traipi, šie ļoti jutīgie traipi fluorescē UV gaismā.
Gan SYBR Green I, gan II ražotājs ir ieteicams lietot ar "254 nm epi apgaismojumu Polaroid 667 melnu un balta plēve un SYBR Green gelu traipu foto filtrs ", lai sasniegtu 100 pg RNS vai vienas virknes DNS noteikšanu vienā josla.
SYBR Safe tika izstrādāts kā drošāka alternatīva etiīdija bromīda un citiem SYBR traipiem. Tos neuzskata par bīstamiem atkritumiem, un tos parasti var izvadīt, izmantojot parastās kanalizācijas sistēmas (t.i., kanalizācijā), jo toksicitātes pārbaude norāda, ka akūtas toksicitātes nav.
Pārbaude arī norāda ir maz vai vispār nav genotoksicitātes uz Sīrijas kāmju embriju (SHE) šūnām, cilvēka limfocītiem, peles limfomas šūnām vai tas ir atzīmēts AMES testā. Traipu var izmantot ar zilās gaismas transilluminatoru, kas rada mazāk bojājuma vizualizējamai DNS un piedāvā labāku efektivitāti vēlākai klonēšanai.
Tā ir arī laba izvēle, ja DNS atgūšanai izmantojat želejas ar zemu kušanas temperatūru. Tas ir ļoti stabils augstās temperatūrās un tam ir ļoti zema fluorescence, bet, piesaistoties DNS, tas ir ļoti fluorescējošs. Ir arī pierādīts, ka Evai Grīnai ir ļoti zema citotoksicitāte vai tās vispār nav, vai mutagenitāte.