Mezencephalonā atrodas vairākas struktūras, ieskaitot tektumu, tegmentum, smadzeņu kātiņu, Essenti nigra, crus cerebri un galvaskausa nervi (okulomotors un trochlear). tectum sastāv no noapaļotiem izciļņiem, ko sauc par kolikām un kas ir iesaistīti redzes un dzirdes procesos. smadzeņu kātiņa ir nervu šķiedru saišķis, kas savieno priekšējo un aizmugurējo smadzenes. Smadzeņu kātiņā ietilpst tegementum (veido vidējā smadzeņu pamatni) un smalkās smadzenes (nervu trakti, kas savieno smadzenes Ar smadzenītes). Essu nigra ir nervu savienojumi ar frontālās daivas un citas smadzeņu zonas, kas iesaistītas motoriskajā funkcijā. Šūnas, kas atrodas rationa nigra, ražo arī dopamīnu - ķīmisku kurjeru, kas palīdz koordinēt darbību muskulis kustība.
Neirodeģenerācija nervu šūnas in activia nigra izraisa dopamīna ražošanas samazināšanos. Ievērojams dopamīna līmeņa pazemināšanās (60–80%) var izraisīt Parkinsona slimības attīstību. Parkinsona slimība ir a nervu sistēma traucējumi, kuru rezultātā tiek zaudēta motora vadība un koordinācija. Simptomi ir trīce, kustību palēnināšanās, muskuļu stīvums un līdzsvara problēmas.