Atsevišķos reģionos, piemēram, Indijas dienvidos, hinduistu karaļvalstis noturējās pret musulmaņu paisumu un pat atgrūda to. Subkontinentā notika arī slavenu Vidusāzijas iekarotāju iebrukumi Čingishana, kurš nebija musulmanis, un Timurs vai Tamerlane, kurš bija.
Šis periods bija Mughal laikmeta (1526–1857) priekštecis. Mogāla impērija to izveidoja Babur, musulmaņu princis, kas sākotnēji cēlies no Uzbekistānas. Īpaši vēlāk Mughals vadībā Akbars Lielais, musulmaņu imperatori un viņu hindu subjekti sasniedza nepieredzētu izpratni un izveidoja skaistu un plaukstošu multikulturālu, multietnisku un reliģiski daudzveidīgu valsti.
1206. gadā bijušais Mamluk vergs vārdā Qutbubuddin Aibak iekaroja Indijas ziemeļus un nodibināja karaļvalsti. Viņš sevi nosauca par Deli sultānu. Aibaks bija Vidusāzijas turku valodas runātājs, tāpat kā trīs no nākamajiem četriem Deli sultātu dibinātāji. Kopumā piecas musulmaņu sultānu dinastijas lielu daļu Indijas ziemeļu daļas pārvaldīja līdz 1526. gadam, kad Babur aizpeldēja no Afganistānas, lai atrastu Mughal dinastiju.
1221. gadā sultāns Džalal ad-Din Mingburnu aizbēga no savas galvaspilsētas Samarkandā, Uzbekistānā. Viņa Khwarezmid impērija bija nonākusi Čingishana kaujā, un viņa tēvs tika nogalināts, tāpēc jaunais sultāns aizbēga uz dienvidiem un austrumiem Indijā. Pie Indus upes tagadējā Pakistānā mongoli noķēra Mingburnu un viņa atlikušos 50 000 karaspēku. Mongoļu armija bija tikai 30 000 spēcīga, taču tā piespieda persiešus pret upes krastu un iznīcināja tos. Varētu būt viegli žēl sultāna, bet viņa tēva lēmums noslepkavot Mongoļa sūtņus bija tūlītēja dzirkstele, kas ieskaitīt mongoļu iekarojumus Vidusāzijā un ārpus tās.
Čola dinastijai Indijas dienvidos bija viens no garākajiem dinastijas cikliem cilvēces vēsturē. Kādu laiku dibināts 300. gados pirms mūsu ēras, tas ilga līdz 1250. gadam. Nav nevienas izšķirošas cīņas ierakstu; drīzāk kaimiņos esošā Pandžanas impērija vienkārši pieauga un kļuva tik spēcīga un ietekmēja, ka tā aizēnoja un pakāpeniski nodzēsa seno Čola valdību. Šīs hinduistu karaļvalstis atradās pietiekami tālu uz dienvidiem, lai izvairītos no musulmaņu iekarotāju ietekmes, kas nāk no Vidusāzijas.
1290. gadā Deli kritās Mamluku dinastija, un tās vietā radās Khilji dinastija, lai kļūtu par otro no piecām ģimenēm, kas pārvalda Deli Sultanātu. Khilji dinastija pie varas pieķersies tikai līdz 1320. gadam.
Īsajā 30 gadu valdīšanas laikā Khilji dinastija veiksmīgi novērsa vairākus iebrukumus no Mongoļu impērijas. Pēdējā, izšķirošā cīņa, ar kuru beidzās mongoļu mēģinājumi ieņemt Indiju, bija Jalandhāras cīņa 1298, kurā Khilji armija nokauj apmēram 20 000 mongoļu un izdzina izdzīvojušos no Indijas labi.
1320. gadā jauna jauktu turku un indiešu asiņu saime pārņēma kontroli pār Deli Sultanātu, sākot Tughlaq dinastijas periodu. Ghazi Malika dibinātā Tughlaq dinastija izvērsās uz dienvidiem pāri Dekanas plato un pirmo reizi iekaroja lielāko Indijas dienvidu daļu. Tomēr šie teritoriālie ieguvumi nebija ilgi. Līdz 1335. gadam Deli Sultanāts bija sarucis atpakaļ savā pierastajā apgabalā Indijas ziemeļos.
Interesanti, ka slavenais Marokas ceļotājs Ibn Battuta kalpoja kā Qadi vai islāma tiesnesis Ghazi Malik tiesā, kurš bija ieguvis troņa vārdu Ghyasuddin Tughlaq. Viņu nelabvēlīgi iespaidoja jaunais Indijas valdnieks, paužot nožēlu par dažādām spīdzšanām, kas tika izmantotas pret to cilvēki, kuri nemaksāja nodokļus, ieskaitot to, ka acis bija noplēstas vai kausēts svins izlēja viņu rīkles. Ibn Battuta bija īpaši sašutis par to, ka šīs šausmas tika izdarītas pret musulmaņiem, kā arī neticīgajiem.
Tā kā Tughlaq vara Indijas dienvidos ātri samazinājās, jauna hindu impērija steidzās aizpildīt varas vakuumu. Vijayanagara impērija valdīs vairāk nekā trīs simti gadu no Karnataka. Tas Indijas dienvidos ienesa nepieredzētu vienotību, kuras pamatā galvenokārt bija hinduistu solidaritāte, saskaroties ar uztvertajiem musulmaņu draudiem ziemeļu virzienā.
Lai arī Vijayanagara spēja apvienot lielu daļu Indijas dienvidu daļas, viņi drīz zaudēja auglīgo Dekāna plato, kas stiepjas pāri subkontinenta viduklim, jaunajam musulmaņu sultanātam. Bahmani Sultanātu nodibināja turku nemiernieki pret Tughlaqs, kurus sauca Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Viņš aizturēja dekānu prom no Vijayanagara, un viņa sultāns saglabājās spēcīgs vairāk nekā gadsimtu. Tomēr 1480. gados Bahmani sultanāts piedzīvoja strauju lejupslīdi. Līdz 1512. gadam pieci mazāki sultanāti bija sadalījušies. Pēc piecpadsmit gadiem centrālā Bahmani štata vairs nebija. Neskaitāmās cīņās un sadursmēs mazajām pēctečes valstīm izdevās novērst Vijajānagara impērijas pilnīgo sakāvi. Tomēr 1686. gadā nesaudzīgais imperators Aurengzebs no Mughals iekaroja pēdējās Bahmani Sultanāta paliekas.
Madurai sultanāts, kas pazīstams arī kā Ma'bar sultāns, bija vēl viens turku valdīts reģions, kurš bija atbrīvojies no Deli sultāna. Atrodoties tālu uz dienvidiem Tamil Nadu, Madurai Sultanāts ilga tikai 48 gadus, pirms to iekaroja Vijayanagara Karaliste.
Rietumu kalendāra četrpadsmitais gadsimts beidzās ar asinīm un haosu Deli Sultanāta Tughlaq dinastijā. Asins izslāpis iekarotājs Timurs, pazīstams arī kā Tamerlane, iebruka Indijas ziemeļdaļā un sāka iekarot Tughlaqs pilsētas pa vienam. Cietušo pilsētu iedzīvotāji tika slaktiņi, viņu nocirstās galvas salika piramīdās. 1398. gada decembrī Timurs ieņēma Deli, izlaupot pilsētu un nokaujot tās iedzīvotājus. Tughlaqs turējās pie varas līdz 1414.gadam, bet viņu galvaspilsēta vairāk nekā gadsimtu neatguvās no Timura terora.