Pirmā doma daudziem, domājot par Pilsoņu karu, ir milzīgo armiju sadalīšanās tādās vietās kā Shiloh vai Getisburga. Papildus cīņai uz sauszemes notika vienlīdz svarīga cīņa, kas notika uz viļņiem. Savienību karakuģi ielenca dienvidu krastu, ekonomiski noslāpējot Konfederāciju un liedzot tās armijām tik ļoti nepieciešamo munīciju un krājumus. Lai to novērstu, mazais Konfederācijas flote atlaida tirdzniecības reidu sparu ar mērķi sabojāt ziemeļu tirdzniecību un aizvest kuģus prom no krasta.
Abās pusēs tika izstrādātas jaunas tehnoloģijas, ieskaitot pirmās dzelzskābes un zemūdenes. Pilsoņu karš bija patiesi nozīmīgs brīdis jūras kara laikā, jo tas nozīmēja koka burāšanas kuģu beigas, apstiprināja tvaika jaudu kā vilces līdzekli un radīja bruņotus, dzelzs pārklājuma karakuģus. Šajā galerijā būs pārskats par dažiem kara laikā izmantotajiem kuģiem.
Uzsākta 1842. gadā. Kamberlenda sākotnēji tika uzbūvēta kā 50 ieroču fregate. 1855. gadā kuģis tika "noārdīts" līdz kara posmam, lai ļautu tam nēsāt Jūras spēku jaunākās gliemežnīcas. 1862. gada 8. martā
Kamberlenda tika nogrimis Hemptonas ceļu kaujā pēc tam, kad viņu satricināja jaunā konfederācijas dzelžainā klāze Virdžīnija(Merimimack). Kaujas laikā Kamberlendaapkalpe šausmās vēroja, kā viņu čaumalas atleca no bruņu kuģa sāniem, bet konfederācija izlauzās caur savējiem. Grimšana Kamberlenda autors Virdžīnija vēstīja par visu jūru, koka karakuģu gadsimtu vecumu beigām.1862. gada janvārī pasūtījis Džeimss Eads & Co., ASV Kaira bija raksturīgs dzelzsplakām liellaivām, kuras rietumu upēs izmantoja ASV Jūras spēki. Virza ar slēgtu bradājuma riteni (ņemiet vērā kaudzes izliekto pauguru pakaļgalā), USS Kaira tam bija sekla iegrime, kas ļāva tai efektīvi manevrēt Misisipi upes sistēmas mainīgajos apstākļos. Pēc piedalīšanās uzbrukumos Fort Spilvenam un palīdzības sniegšanā Konfederācijas liellaivu sakāve pie Memfisas, Kaira piedalījās Vicksburg kampaņa. 1862. gada 12. decembrī kuģis notrieca mīnu netālu no Haines Bluff, MS un divpadsmit minūtēs nogrima. Kairamirstīgās atliekas tika uzceltas 1964. gadā, un šobrīd tās ir apskatāmas Viksburgas Nacionālajā militārajā parkā.
Iebūvēts Liverpūlē, Anglijā ar nosaukumu Oreto, CSS Florida 1863. gada 17. augustā ar leitnantu Džonu N. tika nodots dienestā konfederācijā. Maffitt komandā. 1863. gada pirmajos astoņos mēnešos Florida terorizēja Savienības kuģošanu Atlantijas okeānā un Karību jūras reģionā, iegūstot 22 balvas. Florida pēc tam devās uz Brestu, Franciju, kur to veica ilgstoši. 1864. gada februārī, kad liepājnieks Čārlzs Moriss bija pavēlējis, jūrnieks nogādāja jūrā vēl 11 Savienības kuģus, pirms nonāca Bahijā, Brazīlijā. Atrodoties Bahijā, Florida uzbruka, sagūstīja un novilka jūrā USS Wachusett kamēr Moriss un lielākā daļa apkalpes atradās krastā. Kaut arī sagūstīšana notika neitrālā ostā un tika organizēti protesti, pret to nekad netika rīkots Wachusettkapteinis, komandieris Napoleons Kolinss. Tajā novembrī, Florida nogrimis netālu no Hampton Roads, VA, pēc tam, kad to nejauši iesitis transports. Visu sakot, reids sagūstīja 37 kuģus, otrajā vietā tikai līdz CSS Alabamas.
Pilsoņu karš radīja dažādus zemūdens karakuģu dizainus. Projektējis Horacijs L. Hunlijs, Džeimss Maklintoks un Baksters Vilsons, zemūdeneH. L. Hunlijs tika privāti uzbūvēta Parks & Lyons firma Mobilajā, AL. Apmēram četrdesmit pēdas garas, H. L. Hunlijs kuģoja ar astoņu cilvēku apkalpi, un to darbināja ar roku darbināms dzenskrūve. Neilgi pēc pārbaudes pabeigšanas H. L. Hunlijs tika nogādāts Čārlstonā, SC lietošanai pret Savienības blokādi. Izmēģinājumu laikā Čārlstonas ostā zemūdene divreiz nogrima, pirmo reizi nogalinot piecus tās apkalpes locekļus, bet astoņus - otro, ieskaitot Horace Hunliju. 1864. gada 17. februāra naktī leitnants Džordžs Diksons kuģoja H. L. Hunlijs no Čārlstonas, lai uzbruktu USS Housatonic. Niršana, tuvojoties kuģim, H. L. Hunlijs veiksmīgi piestiprināja un detonēja zemūdenes dzirkstošo torpēdu (sprādzienbīstams lādiņš garā šķēpa galā). Detonācija nogrima Housatonic, padarot to par pirmo reizi zemūdenes uzbrukuma upuri. Neskatoties uz panākumiem, H. L. Hunlijs tika pazaudēts jūrā, mēģinot atgriezties ostā. Zemūdenes vraks atradās 1995. gadā un tika izvirzīts piecus gadus vēlāk. Šobrīd Čārlstonā tiek veikta konservēšanas procedūra.
Nodots ekspluatācijā 1862. gada janvārī, USS Maiami bija raksturīgs "dubultā endera" liellaivām, kuras ASV jūras kara flote izmantoja Dienvidu krasta bloķēšanai. Veids savu vārdu ieguva korpusa formas dēļ, kas ļāva viņiem braukt ar vienādu ātrumu uz priekšu vai atpakaļgaitā. Šī īpašība palielināja viņu manevrēšanas spēju, kas, apvienojumā ar seklo iegrimi, padarīja tos par ideāliem darbam piekrastē konfederācijas skaņu un seklūdeņu tuvumā. Maiami pavadīja lielāko daļu kara, kas izvietoti Ziemeļkarolīnas skaņās, un redzēja rīcību pret Konfederācijas ironclad Albemarle 1864. gada aprīlī.
Ar USS panākumiem Monitor, ASV jūras kara flote centās saražot vairāk līdzīga dizaina kuģu. Uzlabojot oriģinālu, Passiac-klase ietvēra uzlabotas funkcijas, piemēram, bruņu pilota māju. Nodots ekspluatācijā 1863. gada februārī, USS Nantucket, tika nosūtīts uz Čārlstonu, kur tas piedalījās uzbrukumos ostas fortiem. Neskatoties uz uzlabojumiem dizainā, Nantucket un otrs Passiac-klases monitori bija sliktas jūras laivas un tieksme uz tāda paša veida purvu, kas nogrima USS Monitor. Tā rezultātā Jūras spēki ierobežoja savu darbību ar piekrastes ūdeņiem.
Lai arī būvniecība sākās 1862. gadā, CSS Tenesī netika pabeigta līdz 1864. gadam, jo trūka materiālu. Tenesī, tāpat kā lielākajā daļā konfederācijas dzelzslietu klašu, to ieročiem bija liels, bruņots korpuss, kas pazīstams kā kazemāts. Šī dizaina funkcija pirmo reizi tika izmantota CSS Virdžīnija 1862. gadā. Izmantojot mobilo tālruni, Tenesī saderinājies ar admirāli Deividu G. Farragutas savienības flote pie Kauja no mobilā līča 1864. gada 5. augustā. Saskaroties ar milzīgām izredzēm, Tenesī cīnījās drosmīgi, līdz tika sasists ar pakļaušanos un bija spiests padoties.
An Iroquois-klases skrūvju slops, USS Wachusett bija raksturīgs kuģiem, kurus Savienības Jūras spēki izmantoja, lai bloķētu ārzonu darbību un pārtvertu Konfederācijas tirdzniecības reiderus. Nodots ekspluatācijā 1862. gada martā Wachusett sākotnēji dienēja Ziemeļatlantijas bloķēšanas estrādē, pirms tika pārcelts uz īpašā "Lidojošā eskadra". Šai organizācijai tika uzdots izsekot un nogrimt konfederātu jātnieki. 1864. gada februārī kuģim tika uzdots Bahia, Brazīlija ar rīkojumiem aizsargāt amerikāņu tirdzniecību šajā apgabalā. Tajā oktobrī, Wachusett saskārās ar Raidera CSS Florida Bahijas ostā. Lai arī tehniski neitrālos ūdeņos, Wachusettkapteinis komandieris Napoleons Kolinss lika uzbrukt. Ķeršana Florida par pārsteigumu, vīrieši no plkst Wachusett ātri notvēra kuģi. Pēc nelielas labošanas Wachusett saņēma rīkojumus kuģot uz Tālajiem Austrumiem, lai palīdzētu CSS medībās Šenando. Ceļā, kad tika saņemta ziņa, ka karš ir beidzies.
Viens no slavenākajiem pilsoņu kara kuģiem, USS Hartfords pasniegts kā Admirālis Deivids G. Farragutsflagmanis konflikta laikā. 1862. gadā Hartfords vadīja Savienības floti gar fortiem, kas apsargāja Ņūorleānu, un palīdzēja tajā pilsētas sagūstīšana. Nākamajam gadam Farraguts koordinēja darbību ar Savienības spēkiem, lai palīdzētu sagūstīt Viksburgas un Konfederācijas cietokšņus. Port Hudson. 1864. gadā Farraguts pārorientējās uz Mobilas ostas pakļaušanu. 1864. gada 5. augustā Farraguts un Hartfords piedalījās Kauja no mobilā līča, izcīnot milzīgu uzvaru un atverot pilsētu sagūstīšanai Savienības spēkiem. Hartfords palika flotē līdz 1956. gadam, kad pēc nogrimšanas pie piestātnes to demontēja.