Daudzi savienojumi tiek attīrīti, kristalizējot no ūdens šķīduma. Kristāls izslēdz daudzus piesārņotājus, tomēr ūdens var ietilpt kristāliskajā režģī bez ķīmiskas saites ar savienojuma katjonu. Karstums var novadīt šo ūdeni, bet parasti tas sabojā kristālisko struktūru. Tas ir labi, ja mērķis ir iegūt tīru savienojumu. Audzējot kristālus kristalogrāfijai vai citiem mērķiem, tas var būt nevēlams.
Dažreiz abas formas tiek apvienotas. Piemēram, [Cu (H2O)4] SO4· H2O var izmantot, lai aprakstītu vara (II) sulfāta kristalizācijas ūdeni.
Ūdens ir maza, polāra molekula, kas viegli iekļaujama kristāla režģos, taču tas nav vienīgais šķīdinātājs, kas atrodams kristālos. Faktiski lielākā daļa šķīdinātāju lielākā vai mazākā mērā paliek kristālā. Izplatīts piemērs ir benzols. Lai mazinātu šķīdinātāja iedarbību, ķīmiķi parasti mēģina pēc iespējas vairāk noņemt, izmantojot vakuuma ekstrakciju, un var sildīt paraugu, lai atbrīvotu atlikušo šķīdinātāju. Ar rentgena kristalogrāfiju bieži var noteikt šķīdinātāju kristālā.