Naftas noplūde, ko izraisījuši bojāti tankkuģi, cauruļvadivai naftas ieguves platformas jūrā bieži rada tūlītēju un ilgtermiņa kaitējumu videi, kas var ilgt gadu desmitiem. Šīs ir vienas no visievērojamākajām noplūžu radītā kaitējuma videi:
Pludmales, purvi un trauslas ūdens ekosistēmas

Naftas noplūdes pārklāj visu, kas tām pieskaras, un kļūst par nevēlamām, bet ilgtermiņa sastāvdaļām katrā ekosistēmā, kurā tās nonāk. Kad no lielas noplūdes naftas noplūde nonāk pludmalē, eļļas mēteļi un pielīp pie katra klinša un smilšu grauda. Ja eļļa nokļūst piekrastes purvos, mangrovju mežos vai citos mitrājos, šķiedraugi un stiebrzāles absorbē eļļu, kas var kaitēt augiem un padarīt teritoriju nepiemērotu kā savvaļas dzīvotnes.
Kad eļļa galu galā pārstāj peldēt pa ūdens virsmu un sāk grimt jūras vidē, tai var būt līdzīgi postoši ietekme uz trauslajām zemūdens ekosistēmām, nogalinot vai piesārņojot zivis un mazākus organismus, kas ir būtiska saikne pasaules pārtikā ķēde.
Neskatoties uz apjomīgajiem sakopšanas centieniem pēc 1989. gada Exxon Valdez naftas noplūdes, piemēram, Nacionālās organizācijas 2007. gada pētījums Okeānu un atmosfēras pārvalde (NOAA) atklāja, ka smiltīs gar Aļasku joprojām ir ieslodzīti 26 000 galonu naftas krasta līnija.Zinātnieki, kas veica pētījumu, noteica, ka naftas atlikumu daudzums gadā samazinās par mazāk nekā 4 procentiem.
Putni

Ar eļļu pārklāti putni ir universāls kaitējuma videi, ko rada naftas noplūde. Dažas krasta putnu sugas varētu aizbēgt, pārvietojoties, ja tās savlaicīgi izjūt briesmas, bet jūras putni, kas peld un peld, lai iegūtu pārtiku, pēc noplūdes, visticamāk, tiks iepildīti eļļā. Naftas noplūde arī kaitē ligzdošanas vietām, potenciāli radot nopietnas ilgtermiņa sekas veselām sugām. 2010. gada BP Deepwater Horizon naftas noplūde jūrā Meksikas līcis, piemēram, daudzu putnu un jūras sugu pārošanās un ligzdošanas sezonā, un šīs noplūdes ilgtermiņa ietekme uz vidi nebūs zināma gadiem ilgi. Naftas noplūde var izjaukt migrācijas modeļus, piesārņojot teritorijas, kur parasti migrējošie putni apstājas.
Pat neliels eļļas daudzums var būt nāvējošs putnam. Pārklājot spalvas, eļļa ne tikai padara lidošanu neiespējamu, bet arī iznīcina putnu dabisko hidroizolāciju un izolāciju, atstājot tos jutīgus pret hipotermiju vai pārkaršanu. Tā kā putni izmisīgi izliek spalvas, lai atjaunotu dabisko aizsardzību, viņi bieži norij eļļu, kas var nopietni sabojāt viņu iekšējos orgānus un izraisīt nāvi. Labākais Exxon Valdez naftas noplūdes novērtējums ir tas, ka tā nogalināja 250 000 jūras putnu.
Jūras zīdītāji

Naftas noplūde bieži nogalina jūras zīdītājus, piemēram, vaļus, delfīnus, roņus un jūras ūdri. Eļļa var aizsprostot vaļu un delfīnu caurumus, padarot viņiem neiespējamu elpot pareizi un traucējot saziņai. Eļļas pārklāj ūdru un roņu kažokādas, atstājot tās neaizsargātas pret hipotermiju.
Pat ja jūras zīdītāji izvairās no tūlītējas ietekmes, naftas noplūde var piesārņot viņu pārtikas krājumus. Jūras zīdītāji, kas ēd zivis vai citu pārtiku, kas pakļauta naftas noplūdei, var būt saindēta ar eļļu un nomirt vai izjust citas problēmas.
Naftas noplūdes dēļ Exxon Valdez nogalināti 2800 jūras ūdri, 300 ostas roņi un līdz 22 slepkavas vaļi.Gados pēc Exxon Valdez noplūdes zinātnieki novēroja augstāku jūras ūdru un citu sugu nāves līmeni, ko skāra noplūde, un apdullināto augšanu vai citus postījumus citu sugu starpā.Trīsdesmit piecus gadus pēc katastrofas pētnieki ir noskaidrojuši, ka princis Viljams Skaņu ekosistēma, šķiet, beidzot ir atguvusies, un šķiet, ka vietējā ietekme uz jūras ūdru ir bijusi atrisināts.
Zivis

Naftas noplūde bieži izraisa nāvējošu kaitējumu zivīm, vēžveidīgajiem un citiem jūras dzīvniekiem, it īpaši, ja daudzas zivju olas vai kāpuri ir pakļauti eļļai. Garneļu un austeru zveja Luiziānas piekrastē bija viens no agrīnajiem BP Deepwater Horizon naftas noplūdes gadījumiem.Tāpat Exxon Valdez noplūde iznīcināja miljardiem lašu un siļķu olu.Zvejas, kuras ietekmēja Exxon Valdez, atguva trīs gadu desmitus.
Savvaļas dzīvnieku biotops un selekcijas vietas

Ilgtermiņa kaitējums sugām un to dzīvotnēm, kā arī ligzdošanas vai vairošanās vietām ir viena no tālejošākajām vides sekām, ko rada naftas noplūdes. Pat sugām, kuras lielāko dzīves daļu pavada jūrā, piemēram, dažādām jūras bruņurupuču sugām, jānāk krastā ligzdot. Jūras bruņurupučus var kaitēt eļļa, ar kuru viņi sastopas ūdenī vai pludmalē, kur dēj olas, sabojāti ar eļļu un nespēj pareizi attīstīties, un tikko izšķīlušies bruņurupuči var tikt ieeļļoti, kad tie slīd okeāna virzienā pāri taukaina pludmale.
Galu galā naftas noplūdes radītā kaitējuma videi smagums ir atkarīgs no daudziem faktoriem, ieskaitot noplūdušās eļļas daudzumu, eļļas veidu un svaru, noplūdes vieta, savvaļas dzīvnieku sugas apgabalā, vairošanās ciklu un sezonālo migrāciju laiks un pat laika apstākļi jūrā naftas laikā un pēc tās noplūde.