Ne vienmēr bija iespējams noteikt, kurā pusē noteiktas personas cīnījās par ASV pilsoņu karu, it īpaši, ja Misūri štatā bija iesaistīti konfederācijas partizāni. Kaut arī Misūri štatā bija pierobežas valsts, kas pilsoņu kara laikā palika neitrāla, valsts sniedza vairāk nekā 150 000 karaspēku, kuri cīnījās šī konflikta laikā - 40 000 konfederācijas pusē un 110 000 karaspēka Savienība.
1860. gadā Misūri štatā notika konstitucionālā konvencija, kuras galvenā tēma bija atdalīšanās, un balsojums bija palikt Savienībā, bet palikt neitrālai. 1860. gada prezidenta vēlēšanās Misūri štatā bija tikai viens no diviem štatiem, kurā piedalījās demokrātu kandidāts Stefans A. Douglas, kas (Ņūdžersija ir otra) pārvadāta pār republikāņu Ābrahams Linkolns. Abi kandidāti bija tikušies vairākās sarunās debates kur viņi pārrunāja savus individuālos uzskatus. Douglas bija darbojies uz platformas, kas vēlējās saglabāt status quo, savukārt Linkolns uzskatīja, ka verdzība ir jautājums, kas jārisina visai Savienībai kopumā.
Viljama Kvantrila pieaugums
Pēc pilsoņu kara sākuma Misūri štatā turpināja mēģinājumus palikt neitrāls, bet beidzās ar divām dažādām valdībām, kas atbalstīja pretējās puses. Tas izraisīja daudzus gadījumus, kad kaimiņi cīnījās ar kaimiņiem. Tas arī noveda pie tādiem slaveniem partizānu vadītājiem kā Viljams Kvantrils, kurš izveidoja savu armiju, kas cīnījās par konfederāciju.
Viljams Kvantrils dzimis Ohaio, bet galu galā apmetās Misūri štatā. Kad sākās pilsoņu karš, Kvantrils atradās Teksasā, kur viņš draudzējās ar Džoelu B. Mayes, kurš vēlāk tiks ievēlēts par Cherokee Nation galveno vadītāju 1887. gadā. Tieši šīs asociācijas laikā ar Maiju viņš no indiāņiem bija apguvis partizānu kara mākslu.
Kvantrils atgriezās Misūri štatā un 1861. gada augustā viņš cīnījās ar ģenerāli Sterlingu cenu Vilsona līča kaujā netālu no Springfīldas. Neilgi pēc šīs kaujas Kvantrils pameta Konfederācijas armiju, lai izveidotu savu tā dēvēto neregulāru spēku armiju, kas draņķīgi kļuva zināma Kvantrilas Raidersā.
Sākumā Quantrill's Raiders sastāvēja no nedaudz vairāk nekā duci vīriešu, un viņi patrulēja uz Kanzasas-Misūri štata robežas, kur viņi uzrunāja gan Savienības karavīrus, gan Savienības līdzjūtējus. Viņu galvenie iebildumi bija Jayhawkers - Kanzasas partizāni, kuru lojalitāte bija savienības atbalstītāja. Vardarbība kļuva tik slikta, ka teritorija kļuva pazīstama kā “ Asiņošana Kanzasā'.
Līdz 1862. gadam Quantrill bija viņa pakļautībā apmēram 200 vīru un koncentrēja savus uzbrukumus ap Kansas City un Independence pilsētu. Tā kā Misūri štats tika sadalīts starp Savienību un Konfederāciju lojāliem, Quantrill viegli varēja pieņemt darbā dienvidu vīriešus, kuri pauda cieņu pret to, ko viņi uzskatīja par bargo Savienības noteikumu.
Džeimsa brāļi un Kvantrila Raiders
1863. gadā Quantrill spēks bija pieaudzis līdz vairāk nekā 450 vīriešiem, no kuriem viens bija Frenks Džeimss, Jesse James vecākais brālis. 1863. gada augustā Kvantrils un viņa vīri izdarīja to, kas kļuva pazīstams kā Lawrence slaktiņš. Viņi mocīja Lawrence pilsētu Kanzasā un nogalināja vairāk nekā 175 vīriešus un zēnus, no kuriem daudzi bija viņu ģimeņu priekšā. Lai arī Quantrill mērķēja uz Lawrence tāpēc, ka tas bija Jayhawkers centrs, tiek uzskatīts, ka terors, kas tika uzlikts pilsētu iedzīvotāji cēlušies no tā, ka Savienība ieslodzīja Quantrill atbalstītāju un sabiedroto ģimenes locekļus, ieskaitot Viljams T. Andersons - kurš bija galvenais Quantrill’s Raiders dalībnieks. Vairākas no šīm sievietēm nomira, ieskaitot vienu no Andersona māsām, kamēr Savienība bija ieslodzīta.
Andersons, kura iesauka bija “Asiņainais rēķins”. Quantrill vēlāk izkritīs, kas lika Andersonam kļūt par Quantrill partizānu grupas, kurā ietilpa sešpadsmit gadus veco Jesse James, vadītāju. No otras puses, Quantrill tagad bija spēks, kas bija tikai daži desmiti.
Centrālā slaktiņš
1864. gada septembrī Andersonam bija armija, kurā bija apmēram 400 partizānu, un viņi gatavojās palīdzēt Konfederācijas armijai kampaņā, lai iebruktu Misūri štatā. Andersons aizveda apmēram 80 savu partizānu uz Centrāliju, Misūri štatā, lai apkopotu informāciju. Tieši ārpus pilsētas Andersons apturēja vilcienu. Uz kuģa atradās 22 Savienības karavīri, kuri bija atvaļinājumā un bija neapbruņoti. Pēc pavēles šiem vīriešiem noņemt formas tērpu, Andersona vīrieši pēc tam izpildīja visus 22. Andersons vēlāk izmantos šīs Savienības formas tērpus kā maskējumus.
Tuvumā esošie aptuveni 125 karavīru Savienības spēki sāka vajāt Andersonu, kurš līdz tam laikam bija pievienojies visam savam karavīram. Andersons uzstādīja slazdu, izmantojot nelielu daudzumu sava spēka kā ēsmu, par kuru Savienības karavīri nokrita. Pēc tam Andersons un viņa vīri aplenca Savienības spēkus un nogalināja katru karavīru, sakropļojot un applaucējot ķermeņus. Frenks un Džesijs Džeimss, kā arī viņu bandas nākamais loceklis Kols Jaunākais, visi tajā dienā brauca kopā ar Andersonu. “Centralia slaktiņš” bija viena no vissliktākajām zvērībām, kas notika Pilsoņu kara laikā.
Savienības armija par galveno prioritāti izvirzīja Andersona nogalināšanu, un tikai mēnesi pēc Centralia viņi bija sasnieguši šo mērķi. 1865. gada sākumā Kvantrils un viņa partizāni bija pārcēlušies uz Rietumu Kentuki un maijā pēc Roberta E. Lī bija padevies, Kvantrils un viņa vīrieši bija sašutuši. Šīs sadursmes laikā Kvantrils tika nošauts aizmugurē, izraisot viņa paralīzi no krūtīm uz leju. Savainojumu rezultātā Kvantrils nomira šādi.