Cilia un flagella kodols sastāv no mikrotubulēm, kas ir savienotas ar plazmas membrāna un sakārtots tā sauktajā a 9 + 2 raksts. Raksts ir nosaukts tāpēc, ka tas sastāv no gredzena, kurā ir deviņi mikrotubulu pāra komplekti (dubleti), kas apņem divus vienskaitļus mikrotubulas. Šo mikrotubulu saišķi 9 + 2 izkārtojumā sauc par axoneme. Cilijas un flagellas pamatne ir savienota ar šūnu ar modificētu palīdzību centriole saucās struktūras bazālie ķermeņi. Kustība tiek panākta, kad aksonema deviņi pārī savienoti mikrotubulu komplekti slīd viens pret otru, izraisot cilia un flagella saliekšanos. Motoru olbaltumvielu dyneīns ir atbildīgs par kustībai nepieciešamā spēka radīšanu. Šāda veida organizācija ir sastopama lielākajā daļā eikariotu ciliju un flagellas.
Ciliju un flagellas galvenā funkcija ir kustība. Tie ir līdzekļi, ar kuru palīdzību daudzi mikroskopiski vienšūnu un daudzšūnu organismi pārvietojas no vietas uz vietu. Daudzi no šiem organismiem ir sastopami ūdens vidē, kur tos dzen ar ciliju pukstēšanu vai pātagu līdzīgu darbību.
Protisti un baktērijaspiemēram, izmantojiet šīs struktūras, lai virzītos uz stimulu (pārtiku, gaismu), prom no stimula (toksīns) vai saglabātu savu stāvokli vispārējā vietā. Augstākajos organismos cilijas bieži tiek izmantotas, lai virzītu vielas vēlamajā virzienā. Dažas cilijas tomēr nefunkcionē kustībās, bet sajūtās. Primārā cilija, atrodami dažos orgāni un kuģi, var izjust vides apstākļu izmaiņas. Šūnas, kas oderē sienas asinsvadi piemērs šai funkcijai. Primārā cilija asinsvadu endotēlija šūnās uzrauga asinis plūst caur traukiem.Gan cilia, gan flagella ir sastopami daudzos šūnu veidi. Piemēram, sperma no daudziem dzīvnieki, aļģes, un pat papardēm ir flagella. Prokariotu organismiem var būt arī viens vai vairāk flagellum. Piemēram, baktērijai var būt: viens flagellum, kas atrodas šūnas vienā galā (montrichous), viena vai vairākas flagella, kas atrodas abos šūnas galos šūna (amfitrija), vairākas flagellas šūnas vienā galā (lophotrichous) vai flagella, kas izplatīta pa visu šūnu (peritrichous). Cilia var atrast tādās jomās kā elpošanas trakts un sieviešu reproduktīvais trakts. Elpošanas traktā cilia palīdz slaucīt gļotas, kas satur putekļus, mikrobus, ziedputekšņi, un citi gruži prom no plaušas. Sieviešu reproduktīvajā traktā cilia palīdz slaucīt spermu dzemdes virzienā.