Runājot par fosilijas uzskaiti, Ņujorka pievērsa nūjas īso galu: impērijas štatā ir daudz mazu, jūrā dzīvojošu bezmugurkaulnieku, kas datēti ar agru Paleozoic laikmets, pirms simtiem miljonu gadu, bet iegūst virtuālu tukšu dinozauri un megafaunas zīdītāji. (Vainojiet Ņujorkas relatīvo nogulumu trūkumu, kas uzkrāts gada laikā Mezozoja un Cenozoic Laikmets.) Tomēr tas nenozīmē, ka Ņujorkā pilnīgi nebija aizvēstures, dažus ievērojamus piemērus varat atrast šajos slaidos. (Redzēt katrā ASV štatā atklāto dinozauru un aizvēsturisko dzīvnieku saraksts.)
Nedaudz vairāk kā pirms 400 miljoniem gadu, Silūrietis periodā liela daļa Ziemeļamerikas, ieskaitot Ņujorkas štatu, bija iegremdēta zem ūdens. Ņujorkas oficiālā fosilija Eurypterus bija jūras bezmugurkaulnieku veids, kas pazīstams kā jūras skorpions, un bija viens no baidītākajiem zemūdens plēsoņiem pirms aizvēsturiskās haizivis un milzu jūras rāpuļi. Daži Eurypterus īpatņi izauga gandrīz četras pēdas gari, apgraizot primitīvās zivis un bezmugurkaulniekus, no kuriem viņi izlikti.
Tas nav vispārzināms fakts, bet dažādi dinozauru pēdas ir atklāti netālu no Blauvelt pilsētas Ņujorkas Roklendas apgabalā (ne pārāk tālu no Ņujorkas pilsētas). Šīs dziesmas datētas ar vēlu Triassic periodā, apmēram pirms 200 miljoniem gadu, un tajā ir iekļauti daži vilinoši pierādījumi par Koelofīze (dinozaurs, kas vislabāk pazīstams ar izplatību tālajā Ņūmeksikā). Kamēr nav pārliecinošu pierādījumu tam, ka šos pēdas patiešām ir nolīdzinājusi koelofīze, paleontologi labprātāk tos attiecina uz “ichnogenus”, ko sauc par Grallator.
1866. gadā, būvējot dzirnavas Ņujorkas štatā, strādnieki atklāja gandrīz pilnīgas piecu tonnu paliekas Amerikāņu Mastodon. "Cohoes Mastodon", kā tas kļuvis zināms, liecina par to, ka šie milži aizvēsturiski ziloņi klaiņojošajos ganāmpulkos klaiņoja Ņujorkas plašumi, kā tas notika vēl pirms 50 000 gadiem (bez šaubām, līdzās viņu tuvajam mūsdienu Pleistocēns laikmets, Vilkains mamuts).
Līdzīgi kā daudzos citos ASV austrumu štatos, Ņujorka bija samērā remdens, ģeoloģiski runājot, līdz vēlajam pleistocēna laikmetam - kad to šķērsoja visdažādākie megafaunas zīdītāji, sākot no Mamutiem un Mastodoniem (skatīt iepriekšējos slaidus) līdz tādām eksotiskām ģintīm kā Milzu īsspalvains lācis un Milzu bebrs. Diemžēl lielākā daļa no šiem plus lieluma zīdītājiem izmira pagājušā ledus laikmeta beigās, pakļaujoties cilvēku plēsonības un klimata izmaiņu kombinācijai.